De-a lungul timpului, Liceul Natanael Suceava a fost implicată în numeroase parteneriate educaţionale. Parteneriatul educaţional este unul dintre cuvintele cheie ale pedagogiei contemporane, prin care urmărim acceptarea diferenţelor, egalizarea şanselor de participare la o acţiune educativă comună, interacţiuni acceptate de toţi partenerii, o comunicare eficientă între participanţi, colaborare şi cooperare.

Printre partenerii Liceului Natanael Suceava se numără:

• Poliţia Municipiului Suceava
• Primăria Municipiului Suceava
• Asociaţia Internaţională a Şcolilor Creştine (ACSI)
• Clubul Copiilor Mediaş, Editura Copilăria Bucureşti
• Asociaţia pentru promovarea lecturii Bucureşti
• Camp Cristia Suceava
• Asociaţia pentru tineret Olimp Bucureşti
• precum şi alte şcoli şi licee din ţară şi din străinătate.